ระบบ Runes ของ MapleStory เป็นอีกหนึ่งสิ่งพื้นฐานที่ต้องรู้เอาไว้เพราะมันจะเป็นตัวช่วยให้เพื่อนๆ สามารถเล่นได้ง่ายและสะดวกยิ่งขึ้น ตัว Runes จะเกิดตามแม็พต่างๆ ภายในเกม เมื่อ Runes เกิดมาในแม็พที่ท่านอยู่ ระบบจะทำการแจ้งเตือนตรงหน้าจอว่า Runes เกิดแล้ว เราก็แค่เดินไปเปิดระบบรูนด้วยการกดลูกศรตามที่กำหนดไว้และความสามารถของรูนก็จะเปิดใข้งาน พื้นฐานของ Runes ทุกอันจะเพิ่ม EXP *2 เป็นเวลา 2 นาที และมีรูปแบบที่แตกต่างกันออกไปดังนี้
Rune of Decay: ทันทีที่ฆ่ามอนสเตอร์รอบๆ ตัวคุณจะเพิ่มความเสียหายเป็นสองเท่า
Rune of Destruction: สร้างเมฆพิษรอบบริเวณแม็พที่อยู่ และเพิ่มความเสียหาย
Rune of Recovery: ช่วยเพิ่มการพื้นฟู HP
Rune of Swiftness: เพิ่มความเร็ว
Rune of Might: ขยายร่างตัวละครให้มีขนาดใหญ่กว่าเดิมสามเท่าทำดาเมจรอบบริเวณ
Rune of Treasure: เรียกแม่มดออกมา เพื่อปล่อยฟองน้ำให้เก็บ ข้างในนั่นจะ มี EXP, เงิน, ยา, และของสวมใส่
Rune of Thunder: มีสายฟ้าใส่มอนสเตอร์รอบบริเวณตัวคุณเป็นระยะๆ (สร้างความเสียหายแก่มอนสเตอร์)
Rune of Darkness: เรียกบอสของแผนที่ออกมาสามตัวพร้อมกัน
